HNPCC/Lynchův syndrom je spojen se 3 % - 5 % všech kolorektálních karcinomů. Riziko vzniku kolorektálního karcinomu u HNPCC/Lynchova syndromu pro muže a ženy je 83 % a 48 %. Kolorektální karcinom u pacientů s MTS se vyskytuje zhruba v 50 % případů, kdy většina těchto tumorů vzniká na rozdíl od normální populace v proximální části tlustého střeva. Vzácně se také mohou vyskytovat karcinomy rekta. V kontrastu se sporadickými případy, kde karcinom střeva vzniká často po 60 roce života, kolorektální karcinomy asociované s MTS či HNPCC/Lynchovým syndromem vznikají u pacientů mladšího věku (průměr 40 – 45 let). Ve většině případů ploché adenomy tvoří prekurzorové léze, které bývají klinicky těžko detekovatelné a doba jejich maligní transformace je krátká. Většina pacientů však nemá zvýšený počet polypů (odtud termín hereditární „nepolypózní“ kolorektální karcinom), ale přítomnost dvou i více kolorektálních karcinomů není výjimkou. Míra přežití pacientů s kolorektálním karcinomem u HNPCC/Lynchova syndromu bývá vyšší než u normální populace postižené stejným stádiem tumoru [19].
Histopatologicky vykazují nádory tlustého střeva spojené s HNPCC/Lynchovým syndromem charakteristické morfologické rysy, a to mucinózní charakter, prstenčité buňky, peri- a intratumorální infiltraci lymfocyty a medulární růst (obr. 10) [20]. Někteří autoři zahrnují mezi tyto znaky i nepřítomnost špinavé nekrózy v luminách žlazek, která je naopak typickým nálezem u sporadických případů [21]. Mucinózní karcinomy jsou obyčejně dobře diferencované a epitel vykazuje podobnost s epitelem vilózních adenomů [21].
Pacienti s Lynchovým syndromem mají taktéž zvýšené riziko vzniku karcinomu tenkého střeva a žaludku [22, 23, 24].