HNPCC/Lynchův syndrom zahrnuje 2,3 % endometriálních karcinomů. Obecně pacienti ženského pohlaví s tímto syndromem mají podstatně vyšší celoživotní riziko vzniku endometriálního karcinomu než karcinomu střeva. Ne vzácně mohou gynekologické malignity předcházet vzniku kolorektálního karcinomu, a to až o 10 – 11 let [25]. Naproti tomu se u pacientů s MTS zdají být gynekologické malignity vzácnější, což může být vysvětleno asociací endometriálních karcinomů s mutací v MSH6 genu. Endometriální karcinomy se, ve srovnání s běžnou populací, vyskytují v mladším věku, avšak vzácně mohou vznikat i v pokročilém věku nad 60 let [26]. Tumory většinou postihují dolní segment dělohy (istmus), což se zdá být typickou oblastí pro HNPCC/Lynchův syndrom [27]. Nejčastějším histologickým typem je endometriální endometrioidní karcinom.
Mikroskopicky typickým rysem podobně jako u kolorektálních karcinomů je intra- a peritumorální přítomnost lymfocytů (obr. 11). Rovněž charakteristickým nálezem je heterogenita tumoru definovaná přítomností dvou morfologicky odlišných nádorových populací tvořící minimálně 10% tumorózní tkáně [28]. Ostatní morfologické nálezy u endometriálních karcinomů publikované v kontextu s MSI zahrnují kribriformní patern, mucinózní oblasti a nekrózu [26].
Pacienky s HNPCC/Lynchovým syndromem a MTS jsou navíc vystaveny vysokému riziku vzniku maligních nádorů vaječníků, včetně světlobuněčného karcinomu a vzácněji i endometrioidního karcinomu [28]. Současné tumory ovária a endometria však nejsou charakteristickým rysem těchto syndromů; bylo popsáno pouze několik vzácných případů [29].