Mezi případy MMR deficience je naprosto unikátní významná korelace mezi genotypem a fenotypem, a to konkrétně mezi mutací MSH2 genu a klinickým nálezem typickým pro MTS. Rodiny s HNPCC/Lynchovým syndromem, které jsou nositeli mutace c.942+3A>T v MSH2 genu mají vyšší frekvenci vzniku MTS nežli rodiny, které jsou nositeli jiné mutace v témže genu [56].
MTS pacienti s postiženým MSH2 genem mají ve srovnání s nosiči MLH1 mutace signifikantně vyšší celoživotní riziko vzniku karcinomů na jiných místech než ve střevě. Jak již bylo zmíněno, jen menšina pacientů s MTS má mutován MSH6 gen [43]. Je třeba ale mít na paměti, že takovéto případy jsou obyčejně velmi těžko identifikovatelné, neboť u HNPCC/Lynchova syndromu mutace v MSH6 genu vykazují méně závažný klinický fenotyp, a to i s ohledem na kolorektální a endometriální karcinom (např. pozdní vznik nádoru, histologické rysy jsou více podobné tumorům u běžné populace) [57].
Nápadná je i korelace mezi anatomickou lokalizací tumoru, jeho typem, architekturou a MMR deficiencí. Bylo zjištěno, že MMR deficience je signifikantně asociována s anatomickou lokalizací nádoru (MMR deficientní tumory se převážně vyskytují na trupu a končetinách a jen velice vzácně na hlavě a krku), s typem tumoru (pokud léze vniká na hlavě a krku, mnohem častěji se jedná o sebaceózní adenom než karcinom) a s architekturou (architektura sebaceózních lézí připomíná keratoakantom) [10, 58]. Tato korelace vykazuje analogii s kolorektálními tumory, kde rovněž vpravo lokalizované karcinomy tlustého střeva jsou častěji asociovány s MMR deficiencí ve srovnání s levostrannými.
Mladí pacienti (věk pod 30 let) s kolorektálním karcinomem vykazující MSI mají horší prognózu než postižení vyššího věku. Zajímavým zjištěním je přibližně stejná distribuce malignit s MSI v proximální i distální části tlustého střeva u těchto nemocných [59].
Celoživotní riziko vzniku karcinomu žaludku je 4,8 a 9% pro nosiče MLH1 a MSH2 mutace. Naopak se zdá, že nosiči mutace v MSH6 genu nejsou predisponováni k vývoji karcinomů v tomto orgánu [24]. Obdobně u maligních lézí tenkého střeva nebyla pozorována zárodečná mutace v MSH6 genu [60]. Naproti tomu se prostatické karcinomy zdají být asociovány s MSH6 mutací [23]. Také byly publikovány bialelické mutace v MMR genech u některých případů hematoonkologických malignit, tumorů mozku, gastrointestinálních tumorů vznikajících v dětském věku. U těchto pacientů je navíc nápadná přítomnost kávových skvrn, což je jeden z klinických příznaků neurofibromatózy typu I [61, 62]. Navrhovaný termín pro tyto případy je tzv. childhood cancer syndrom. Homozygotní inaktivace MMR genu u těchto syndromů byla zjištěno v asociaci s MLH1 [63], MSH2 [64, 65], MSH6 [66] a PMS2 [67].